"Tengo que certificarme otra vez ante el SII"
No, si tu empresa ya está certificada con un sistema de mercado. La certificación es por RUT, no por software. El propio SII lo dice: para cambiarte de proveedor no es necesario certificarte nuevamente; solo recomienda probar antes de operar. Si emites con el sistema gratuito del SII, ahí sí hay que certificar a tu empresa, y lo hacemos nosotros.